專利制度具有明顯的地域性特點，各國專利制度各有特色，從而發明專利申請的實質審查程序也存在差異。中國發明專利申請的實質審查程序採用請求審查制，即在規定的期限內（三年）由申請人提出實質審查請求，由審查員進行審查。

與中國及其他大多數國家或地區類似，馬來西亞的實質審查也採用請求審查制，與中國實質審查程序中的具體操作不同之處在於，PCT申請在馬來西亞國家階段的實質審查包括以下兩種方式：（一）標準實質審查；（二）改進實質審查。具體說明如下：

標準實質審查中，馬來西亞專利局將進行對申請的檢索和實質審查，同時會考慮來自澳大利亞、英國、歐洲專利局、日本、韓國及美國對此發明的檢索和審查結果。
只有在該專利已獲得澳大利亞、英國、歐洲專利局、日本、韓國或美國的授權時，才能提出改進實質審查。 在改進實質審查中，實質審查申請基於該外國審查結果而進行簡單的追加審查。 審查申請的新穎性、法定可專利事項以及與外國專利說明書的符合程度，但沒有對創造性和形式要求數量的審查。

其次，負責知識產權註冊和管理的馬來西亞知識產權局（MyIPO）與4個外國專利局——日本專利局（自2014年）、歐洲專利局（自2017年）、中國國家知識產權局（自2018年）和韓國知識產權局（自2020年）簽署了專利審查高速公路計畫（PPH）。

在PPH計畫下，如果專利申請人在日本、歐洲、中國、韓國的申請或PCT申請獲得了有利的審查結果，則申請人可向MyIPO申請加快審查。PPH計畫的一個顯著特點是其雙向性，即，如果申請人在馬來西亞的相應申請獲得了有利的審查結果，申請人也可在日本、歐洲、中國或韓國申請加快審查。

另外，馬來西亞還參與了東協專利審查合作計劃（ASPEC），東協國家間專利檢索和審查的結果共用，實現專利申請加速效果。
在瞭解了PCT申請在馬拉西亞國家階段的實質審查程序之後，申請人可以根據實際情況決定選擇哪幾種方式來加速其專利申請在馬拉西亞的實質審查。